Certamente, il cervello e le sensazioni che percepiamo hanno una organizzazione così complessa che nessuno, ad oggi, è stato un grado di chiarire in modo completo e spesso ci si domanda se ciò sarà mai possibile.

Questa ignoranza sull'operare del cervello si è protratta attraverso gli anni nella scienza classica, epoca che inizia con Galileo e Newton nel XVII Secolo, e giunge circa alle soglie del XX.
Dopo il superamento delle teorie scientifiche nate nella Magna Grecia, la negligenza sulle ricerche relative al funzionamento cerebrale è stata sostanzialmente causata dal riduzionismo di tipo meccanico della conoscenza scientifica.
La scienza si è limitata a ricondurre ad esempi di interpretazione meccanica ogni fenomeno osservato e quindi ha valutato di carattere non scientifico ogni altra possibile interpretazione (filosofica, religiosa, magica od altro).

L'impostazione meccanicista della scienza fu avvalorata da Cartesio (René Descartes - 1596-1650), con la netta separazione tra soggetto e oggetto e con il conseguente dualismo tra materia (res extensa) e pensiero (res cogitans).
Anche Cartesio, rimembrando antichissime conoscenze, attribuì alla ghiandola pineale la capacità di correlare pensiero e materia per giustificare il fatto che il cervello è una struttura pensante.

Oggi sappiamo che la ghiandola pineale secerne un ormone, la "melatonina" e che quando la radiazione luminosa colpisce la retina, questa riceve un segnale che ne rallenta la produzione, poiché, oltre ad altre funzioni vitali, tale ormone regola i bioritmi del sonno.
Quindi attribuire alla ghiandola pineale la funzione di correlare pensiero e materia è una esemplificazione poco scientifica, ma molto utile per decretare una netta separazione tra il soggetto pensante ed il mondo inanimato.
Mentre la scienza antica si riferiva ad una intelligenza della natura che pervadeva tutto il mondo vivente, animato ed inanimato, per la scienza meccanica la materia ( ivi compresa la materia cerebrale) è considerata inerte, soggetta a leggi meccaniche e quindi del tutto dissociata da ogni forma di intelligente elaborazione di informazione.
Conseguentemente, ciò che è soggettivo viene considerato meramente qualitativo e fuori dal campo di ricerca della scienza che indaga su dati oggettivi quantizzabili in misure numericamente precise, tali che i loro valori rispettino univocamente le leggi meccaniche che governano ogni comportamento della materia.

Tale impostazione incontrò un immediato ed incontrastato successo, che si prolungò per più di duecento anni, malgrado il grande incremento della ricerca e delle scoperte scientifiche in questi ultimi secoli.