Il Museo si articola in un corridoio (A) e tre sale:
La Collezione didattica.
La sala Cetacei.
La sala Grassi.
sala Collezione Didattica (B)
sala Cetacei (C)
sala Grassi (D).
La galleria di ingresso utilizza un corridoio di 20 metri ed ospita scheletri di grandi mammiferi tra i quali
un ippopotamo, e, sospeso alla volta, un capodoglio. Le vetrine, su entrambe le pareti, illustrano i principi
e i problemi dell’Anatomia Comparata, volti ad evidenziare gli aspetti funzionali ed evoluzionistici che
condizionano la forma animale.
In questa sala, i materiali sono ordinati nelle vetrine secondo i sistemi e gli apparati organici. Il criterio espositivo è prevalentemente didattico. Gli studenti dei corsi di laurea in Scienze Biologiche e in Scienze Naturali trovano qui, adeguatamente illustrato, il materiale necessario per la loro preparazione in Anatomia Comparata.
La sala Cetacei si impernia attorno allo scheletro di una grande balenottera comune (Balaenoptera physalus) della lunghezza di 20 metri, presentata in due segmenti: cranio, gabbia toracica e colonna lombare nel primo tronco, colonna caudale nel secondo. Alle pareti della sala sono poi collocati altri materiali cetologici e pannelli illustranti la biologia dei Cetacei e i problemi di conservazione e di gestione naturale di questi affascinanti e colossali mammiferi.
La sala prende il nome da Battista Grassi, il massimo zoologo che ebbe l’Italia nell’ultimo secolo, al quale si deve la scoperta dell’insetto portatore della malaria. Grassi fu direttore dell’Istituto di Anatomia Comparata dal 1895 al 1925. Questa sala ospita una collezione di strumenti per la ricerca anatomica di grande interesse storico scientifico, databili tra la fine del Settecento e gli inizi del Novecento. Si tratta di microscopi, microtomi, apparati microfotografici, compassi anatomici e dispositivi da disegno. A questo materiale si aggiunge una collezione di cere anatomiche tedesche della seconda metà dell’Ottocento.